小肠壁的外层是纵行肌，内层是环行肌，它们执行小肠的各种运动功能。
小肠的运动形式包括紧张性收缩、分节运动和蠕动三种。
1.紧张性收缩（tonic Contraction） 小肠平滑肌具有一定的紧张性，其它运动形式是在小肠平滑肌紧张性基础上进行的。当小肠紧张性降低时，肠腔易于扩张，肠内容物的混合和转运减慢，相反，当小肠紧张性升高时，食糜在小肠内的混合和运转过程就加快。
2.分节运动（segmentation） 这是一种以环行肌为主的节律性收缩和舒张运动。在食糜所在的一段肠管上，环行肌在许多点同时收缩，把食糜分割成许多节段；随后，原来收缩处舒张，而原来舒张处收缩，使原来的节段分为两半，而相邻的两半则合拢来形成一个新的节段；如此反复进行，食糜得以不断地分开，又不断地混合。分节运动的主要作用是使食糜与消化液充分混合，便于进行化学性消化，它还使食糜与肠壁紧密接触，为吸收创造了良好的条件。分节运动还能挤压肠壁，有助于血液和淋巴的回流。但分节运动对食物推动作用较小。
分节运动在空腹时几乎不存在，进食后才逐渐变强起来。小肠各段分节运动的频率不同，小肠上部频率较高，下部较低。在人，十二指肠分节运动的频率约为每分钟11次。回肠末端为每分钟8次。这种活动梯度对于食糜从小肠的上部向下推进具有一定生理意义。
电生理研究指出，小肠分节运动的梯度现象与其平滑肌的基本电节律有关。小肠平滑肌的基本电节律的起步点位于十二指肠近胆管入口处的纵行肌细胞上，其频率在人约为每分钟11次。 从十二指肠到回肠末端，基本电节律的频率逐渐下降，但在完整的小肠内，上部具有较高频率的肠段可控制其下部频率较低的一段肠段。因此，实际上在小肠全长中，其内在节律形成了数个频率平台。
3.蠕动（peristalsis） 小肠的蠕动可发生在小肠的任何部位，其速度约为0.5～2.0cm/s，近端小肠的蠕动速度大于远端。小肠蠕动波很弱，通常只进行一段短距离（约数厘米）后即消失。蠕动的意义在于使经过分节运动作用的食糜向前推进一步，到达一个新肠段，再开 始分节运动。食糜在小肠内实际的推进速度只有1cm/min，按此计算，食糜大约需要历时3～5小时才能从幽门部到达回盲瓣。除基本蠕动形式外，还常可见到一种进行速度很快（2～25cm/s）、传播较远的小肠蠕动，称为蠕动冲。蠕动冲可把食糜从小肠始端一直推送到末端，有时还可推送到大肠。 这种运动可能是由于吞咽动作或食糜进入十二指肠引起。在某些药物（泻剂）作用下也可产生。肠蠕动时，由于肠腔内食物被推动，可产生声音，称为肠鸣音，在临床上常用作判断肠运动功能的指标。肠蠕动亢进时，肠鸣音增强，肠麻痹时，肠鸣音减弱或消失。
1.内在神经丛的作用: 位于纵行肌和环行肌之间的肌间神经丛对小肠运动起主要调节作用。当机械和化学刺激作用于肠壁感受器时，通过局部反射可引起平滑肌的蠕动运动。切断小肠的外来神经，小肠的蠕动仍可进行。
2.外来神经的作用: 一般来说，副交感神经的兴奋能加强肠运动，而交感神经兴奋则产生抑制作用。但上述效果还依肠肌当时的状态而定。如肠肌的紧张性高，则无论副交感或交感神经兴奋，都使之抑制；相反，如肠肌的紧张性低，则这两种神经兴奋都有增强其活动的作用。
3.体液因素的作用: 小肠壁内的神经丛和平滑肌对多种化学物质具有广泛的敏感性。除两种重要的神经递质乙酰胆碱和去甲肾上腺素外，还有一些肽类激素和胺，如P物质、脑啡肽和5-羟色胺，都有兴奋肠运动的作用。
回肠末端与盲肠交界处的环行肌显著加厚，起着括约肌的作用，称为回盲括约肌。回盲括约肌在平时保持轻度收缩状态，其内压力约比结肠内压力高2.67kPa（20 mmHg）。
对盲肠粘膜的机械刺激或充胀刺激，可通过肠肌局部反射，引起括约肌收缩，从而阻止回肠内容物向盲肠排放。进食时，当食物进入胃时，可通过胃、回肠反射引起回肠蠕动，在蠕动波到达回肠末端最后数厘米时，括约肌便舒张，这样，当蠕动波到达时，大约有4 ml食糜由回肠被驱入结肠。此外，胃幽门部粘膜中释放的胃泌素也能引起括约肌内的压力下降。
总之，回盲括约肌的主要功能是防止回肠内容物过快地进入大肠，延长食糜在小肠内停留的时间，因此有利于小肠内容物的完全消化和吸收。据估计，正常情况下每天约有450～500 m1食糜进入大肠。此外，回盲括约肌还具有活瓣样作用，它可阻止大肠内容物向回肠倒流。
小肠内容物向大肠的排放，除与回盲括约肌的活动有关外，还与食糜的流动性和回肠与结肠内的压力差有关：食糜越稀，通过回盲瓣也越容易，小肠腔内压力升高，也可迫使食糜通过括约肌。